První zmínka o kostele v Babicích pochází z roku 1349, kdy Vilém z Babic postoupil půl vsi a půl patronátu kostela křížovníkům s červenou hvězdou v Praze. Patronát pak často měnil majitele, tak jak se střídali majitelé výše uvedené poloviny Babic, až se nakonec dostal do rukou majitelů lesonického panství.Kostel je znovu v pramenech připomínán k roku 1495, kdy Bohuš z Bolíkovic prodal Hynkovi z Bačkovic ves a tvrz Bolíkovice, ves Babice i s kostelním právem, lán, dva půllány a podsedek v Loukovicích a lán s tvrzí v Cidlině.

Prvním historicky známým farářem byl Pavel, který byl též oltářníkem v Telči. Další zmínka o kostele v Babicích pochází z let 1506 a 1510, kdy babický farář Jan z Babic zažaloval majitele lesonického panství Jindřich Pintu z Ertišovic za to, že neprováděl opravy kostela a zkracoval kostelní příjmy.

Opravy a i přestavby se kostel dočkal zhruba kolem roku 1530. V této době byl babický kostelík přestavěn na dvoulodní gotický kostel. Ke stavbě bylo pravděpodobně použito zdivo z opuštěné tvrze. Farář Jan, který zemřel roku 1555, byl posledním katolickým farářem v Babicích. Po jeho smrti přestoupila většina obyvatel farnosti (Babice, Lesonice, Cidlina, Bolíkovice a Martinice) na víru evangelickou či českobratrskou.

Tragický byl pro kostel i pro celou vesnici rok 1614, kdy vesnice, kostel i fara lehly popelem. Shořely všechny matriky a farní kronika, takže dnes už ani nevíme, kde před rokem 1614 stávala fara. Po požáru byl kostel znovu postaven. V místech, kde původně stály sloupy podpírající klenbu, byl kostel rozdělen příčkou na část severní a na část jižní. Severní polovina patřila katolíkům a byla zasvěcena Zvěstování P. Marie. Slavnost Zvěstování připadá na 25. března a dodnes je památka na toto zasvěcení v Babicích živá, připomíná ho tzv. malá pouť. Jižní část kostela pak patřila evengelíkům a zasvěcena byla Pozdvižení svatého Kříže.V roce 1626 zakázal majitel jaroměřického panství svým poddaným poutě do Babic. Důvodem bylo pravděpodobně to, že na babické faře stále seděl protestantský kněz. Dne 17. června však lidé z jaroměřického panství podnikli opět pouť do Babic.

Od roku 1630 byla babická fara neobsazena. K roku 1657 je zaznamenáno, že katoličtí farníci babičtí chodili do Rokytnice a v roce 1670 do Moravských Budějovic. Babickou farnost tehdy spravoval farář z Rokytnice, loucký premonstrát P. Jakub Kosař (*8. července 1590 Dobřany, + 11. květen 1669 Rokytnice). Byl to velmi vzdělaný muž a to hlavně v hudbě. Za faráže Kosaře byla provedena děkanská vizitace, která shledala kostel v bídném stavu, oprava vyhořelého kostela po roce 1614 byla pravděpodobně pouze provizorní, protože již v roce 1640 povoluje ordinariát majiteli lesonického panství vyhořelý kostel i faru z roku 1614 v Babicích znovu postavit.Po smrti P. Kosaře byla babická farnost spravována z fary v Moravských Budějovicích.

V roce 1672 byla v Šebkovicích opětovně zřízena fara a babický kostel se stal kostelem filiálním. První farář však přišel do Šebkovic. Do Babic se vrátil až farář Jan Skopalý, který si vyžádal přeložení ze Šebkovic, kde nebyla fara a faráž bydlel v polorozpadlé chalupě. Kostel babický a šebkovický si tak vyměnily role - babický se stal farním a šebkovický filiálním. V této době dochází k faktickému spojení farnosti babické a šebkovické. Farnost šebkovická (Šebkovice, Milatice, Loukovice) však dodnes oficiálně nezanikla a ani nebyla s babickou farností sloučena.

I nový majitel lesonického panství Bohumír sv. p. Aichbüchel, který koupil panství 13. září 1689, se zapsal do historie babického kostela. Nechal zbourat zeď, která rozdělovala kostel na severní a jižní část a dal kostel opravit tak, aby byly všechny stopy na nekatolíky zahlazeny. Kostel byl poté znovu vysvěcen a zasvěcen Nejsvětější Trojici.Farář Jan Skopalý odešel z Babic v roce 1690. Na babické faře ho 6. dubna 1690 vystřídal Duchoslav Šlechta, který pocházel z Batelova. Vydržel zde patnáct let.

Po Duchoslavu Šlechtovi (26. listopadu 1705) se stal novým farářem telčký rodák Jan Krištof Kubetius. Ten žil ve stálém sporu s lesonickým statkem. Babice opustil roku 1713. Po jeho odchodu nebyla fara z neznámých důvodů obsazena. Jako administrátoři tu působili Jan Schober, po něm následoval Bernard Bacher, pak se vrátil Jan Schrober a přechodné období ukončil administrátor Ignác Vojtěch.

Teprve 10. ledna 1718 přichází na babickou faru nový farář. Stal se jím Pavel Antonín Nečas, který byl původně kaplanem v Moravských Budějovicích. Farářem v Babicích byl dlouhých 41 let až do své smrti 27. srpna 1759.

Po smrti P. Nečase se stal farářem Jan Kratzman, rodák z Jihlavy. Třicet sedm dní po svém nastoupení však zemřel ve věku 37 let. Třetím farářem v roce 1759 zde byl František Tkaný.

V letech 1763 - 1764 byla postavena nová fara.

26. července 1775 došlo v Lesonicích k potyčce mezi sedláky a vojskem. Několik sedláků bylo zraněno a na zemi zůstalo ležet šest obětí. Ihned po bitvě tyto smrtelně raněné sedláky František Tkaný zaopatřil svátostí umírajících. Majitelem panství (hrabě Nadásdy) byl za tyto své činy označen za podněcovače povstání. Za tímto napadením však byl i spor mezi farářem a velkostatkem o les Kozí vrch a rušení hranice při zvětšování obory. Po sporu, který farář nemohl vyhrát, odchází roku 1777, kdy směnil babickou farnost s P. Josefem Jaroškem za farnost Velké Lenice.Farář Jarošek byl velmi zadlužen. Když v roce 1790 zemřel (mozková mrtvice), byl takřka zbankrotovalý. Krátce po jeho smrti, 21. října 1790, přišel do Babic farář Bedřich Schnirch. Ten patřil k vrstvě bohatých a vzdělaných farářů. Velmi dobře se staral o kostel, faru i farní jmění a vzorně vedl farní archív. Bedřich Josef Schnirch odešel 4. července 1806 do Znojma a poté do Vídně na odpočinek, kde také 4. června 1817 zemřel.Ještě před svým odchodem ustanovil svého kaplana Jakuba Schrecka administrátorem. Ten se stal 29. srpna 1817, po smrti faráře Schnircha, farářem babickým. V Babicích však dlouho nevydržel. Již za šest měsíců je opustil.Faru vyměnil s Ignácem Chornitzrem, farářem ze Želetavy. Ten přišel do Babic 16. dubna 1818, zde žil tři roky. Z důvodu špatného zdraví se roku 1821 odstěhoval do Telče. Na jeho vlastní žádost jmenoval telčský děkan Stejskal babickým administrátorem palupínského kaplana Františka Oseckého.

Dne 27. srpna 1820 vypukl na babické faře požár. Zcela zhořely stáje, stodoly s obilím, kolna s vozy a nářadím, ovčince, chlévy, kurník a 25 sáhů dřeva. Jen díky velkému úsilí místních občanů se podařilo zachránit vlastní budovu fary, kostel a školu.

Roku 1825 se střecha babického kostela Nejsvětější Trojice dočkala nové střešní krytiny - šindelu.Farář Ignác Chornitzer zemřel ve vsém rodišti Telči 17. ledna 1834 a administrátor František Osecký se stal babickým farářem. V roce 1835 se do kostela vloupal zloděj, odcizil jeden stříbrný kalich, veškeré kněžské prádlo a několik ornátů.František Osecký odešel z Babic 13. dubna 1857 na odpočinek do Znojma, kde zemřel 12. června 1858. O dva měsíce později, 18. září 1858, se stal farářem babickým Josef Veselý z Brtnice, který byl v Babicích 3,5 roku kaplanem a 1,5 roku administrátorem.Farář Josef Veselý (narodil se 7. listopadu) se zapsal do dějin kostela snad nejvíce ze všech farářů.Kostel, který našel v Babicích, pocházel z roku 1614. Byl stavěn v pozdně gotickém slohu a byl dvoulodní. Zvonice tehdy byla v severozápádním rohu kostela, byla dřevěná, bedněná prkny a krytá šindelem (stejně jako kostel). Strop v severní lodi byl promočený a hrozil sesutím. Ve špatném stavu byla celá budova.V roce 1862 požádal farář Josef Veselý úřady o komisionální prohlédnutí celé budovy kostela. Komise navrhla opravu kostela.Faráři Josefu Veselému se však tento typ rekonstrukce nelíbil. V zimě začal připravovat rekonstrukci kostela.Farář Josef Veselý se rozhodl přistavět k východní straně kostela presbyterium se sakristií a ke straně západní věž se schody na kůr. Hlavní zdi měly zůstat a dvoulodní kostel se měl přeměnit na trojlodní.

Stavba nového kostela

Bourání kostela začalo 2. března 1863. Poslední mše svatá v něm byla sloužena o malé pouti 25. března, poté se mše sloužily na hřbitově pod širým nebem nebo v dřevěné kapli, která zde byla provizorně zbudována.Při vytrhávání dlažby byly objeveny staré hroby. Některé mrtvoly byly oblečeny v rouše řádu františkánů. Objevena byla též stará krypta, ve které byly nalezeny tři rakve.

Po dalších zjištěních (nevyhovující základy atd.) bylo rozhodnuto o stavbě prakticky nového kostela.Dne 19. dubna 1863 byl slavnostně položen základní kámen. Rok 1863 byl ke stavění přímo stvořený, pršelo jen velmi ojediněle. Díky tomu bylo na podzim hotovo. Zvony z věže poprvé zvonily 31. října, v předvečer svátku Všech svatých.Celá stavba kostela stála 10 560 zlatých a devět krejcarů. V roce 1864 zbývalo už jen omítnout zvenku severní zeď a věž. Josef Veselý zatím sháněl peníze.Vnitřek kostela byl upraven až v roce 1864. Za den posvěcení určil Josef Veselý 25. březen 1865, tedy den Zvěstování P. Marie (malá pouť). Kostel vysvětil děkan jaroměřický Valentin Bečvář.

V březnu 1876 poškodila střechu kostela vichřice. Na jaře se proto překládala střešní krytina a křidlice se podmazávaly maltou.

Hlavní oltář Nejsvětější Trojice pochází z roku 1879, což dokazuje nápis na jeho zadní stěně, zhotovil jej Josef Musil.

V roce 1880 byla provedena výměna hřbitovů. Starý hřbitov okolo kostela byl majetkem církve a nový hřbitov, který vznikl v roce 1832 při cestě do Šebkovic, byl majetkem obce. Roku 1883 byla obcí na novém hřbitově nákladem 300 zlatých postavena márnice.

Životní pouť babického faráře a jaroměřického děkana Josefa Veselého byla ukončena 5. září 1887 v Luhačovicích. Jeho tělo bylo přivezeno do Babic v kovové rakvi a druhý den uloženo do hrobu na hřbitově.

Po jeho smrti vedl farnost administrátor Ondřej Kodar. Dne 12. ledna nastoupil na babickou faru Jan Chvátal.Po odchodu Jana Chvátala řídil farnost administrátor Cyril Mašíček.

Josef Ševčík, Jakub Deml a František Bílek

Dne 15. července 1895 byl v Babicích slavnostně uvítán nový farář Josef ŠevčíkV roce 1904 se stal kooperátorem na místní faře spisovatel a básník Jakub Deml. Do Babic přišel z Kučerova u Vyškova, kde nebyl spokojen, protože se jednalo o převážně německou farnost.Na jaře roku 1905 začal Jakub Deml vydávat v Babicích vlastním nákladem souborné grafické dílo sochaře Fantiška Bílka. Dne 22. března se ze Staré Říše do Babic stěhovala redakce edice Studium, kterou vydával Jakub Deml spolu s Josefem Florianem. Ve stejném roce vydal Jakub Deml v Babicích i knihu Brelan vyobcovaných francouzského spisovatele Leona Bloyda.Kaplanem v Babicích byl do 1. dubna 1906. Tohoto dne se Jakub Deml přestěhoval na faru do Martínkova.

V letech 1908 - 1909 probíhala další oprava střechy věže. Ta byla pobita novým cínovým plechem a natřena. Opravena byla i fasáda celého kostela a v roce 1909 byl kostel uvnitř vymalován.

1. dubna 1909 biskup Pavel Huyn ukončil Demlovu aktivní činnost v duchovní správě. Josef Ševčík se od něj neodvrátil a proto se Jakub Deml vrátil do Babic.

P. Josef Ševčík se řídil heslem: "Vše pro jiné, pro sebe nic". Proto také farářovi nezbylo na setí zrno, protože je rozdal během zimy chudým.

Farář babický Josef Ševčík zemřel 20. října 1911. Josef Ševčík byl pohřben na babickém hřbitově pod Bílkovým křížem, který byl slavnostně svěcen 29. října 1905. Jakub Deml zasadil nad jeho hrobem břízu, která byla skácena až na konci dvacátého století.Jakub Deml opustil Babice týden po smrti Josefa Ševčíka.Na místo po Josefu Ševčíkovi nastoupil v lednu 1912 martinkovský farář Jindřich Svoboda.

V roce 1914 byly v babickém kostele instalovány dvě nové sochy, a to socha Božského Srdce Pána Ježíše a socha Srdce Panny Marie.Farář Jindřich Svoboda zemřel 29. dubna 1926 a na faře ho nahradil Josef Pánek. Tento farář odešel z Babic 31. října 1938. Poté 2. března 1939 přichází do Babic farář Josef Hladík. Tento farář se účastnil odboje za války.V roce 1941 byl kostel vymalován. První poválečný rok (1946) byla provedena generální oprava střechy kostela. Na severní straně byl srovnán terén před kostelem a postaveny betonové schody. Generální opravy se dočkal i hlavní oltář, a to v roce 1948.

Na počátku roku 1950 přišel do Babic farář Václav Drbola, který vystřídal faráře P. Arnošta Poláčka, který byl v lednu 1950 zatčen a poté odsouzen k 20 letům odnětí svobody (v procesu se skupinou Prudík a spol.).Václav Drbola se občas účastnil schůzek bývalých partyzánů. K zatčení P. Václava Drboly došlo 17. června 1951. Souzen byl v jihlavském Dělnickém domě o necelý měsíc později. v tzv. případu Babice, o kterém píšeme v samostatném článku. P. Václav Drbola byl odsouzen k trestu smrti spolu s dalšími osobami.

Po zatčení Václava Drboly byly Babice dva roky bez duchovního správce. Teprve v roce 1953 přichází na místní faru P. Alois Kolář. Ten zde vydržel až do roku 1972.

22. září 1968 se v Babicích konalo svěcení nových zvonů pro kostel Nejsvětější Trojice. Tohoto svěcení se zúčastnilo na 33 kněží. Po slavnostním vysvěcení byly zvony vyzvednuty na své místo. Podle farní kroniky se slavnosti zúčastnilo osm tisíc věřících.

V roce 1971 byl kostel nově vymalován.

Po odchodu P. Aloise Koláře se babické farnosti ujal jako administrátor P. Karel Sobotka z Doubravníku u Tišnova. První červnový den roku 1973 byl jmenován novým babickým farářem P. Josef Šmíd. Ten byl však po čtyřech dnech pobytu postižen mozkovou mrtvicí. Po dobu jeho nemoci se o věřící starali P. Jakub Navrátil z Čáslavic, novokněz Karel Obrdlík a kněží z Jaroměřic.

Když odešel P. Josef Šmíd do důchodu, byl farářem jmenován P. Jan Peřina. Za něho byly na kostele instalovány nové věžní hodiny, opravena střecha a fasáda na faře a z kostela ostraněna shnilá kazatelna. P. Jan Peřina vydržel v Babicích až do 6. listopadu 1983, kdy odešel do Vysokých Popovic.Už 1. listopadu byl novým babickým farářem jmenován P. Karel Obrdlík. Během jeho působení bylo do kostela zavedeno elektrické vytápění.Po sedmiletém působení odešel (1. července 1990) ze zdejší fary P. Karel Obrdlík.Nový kněz nebyl na faru umístěn a duchovní správa byla zajišťována z Moravských Budějovic - P. Michal Jelínek. V roce 1993 se správy babické farnosti ujal P. Lubor Dobeš z Opatova. Ten v roce 1997 odešel do Mikulova a babické fary se ujal selasian z Jaroměřic P. Petr Piler. Za dva roky odešel Piler do farnosti Čtyři Dvory a v Babicích ho vystřídal P. Leo Červinka.

V sobotu 26. září 1992 byl třebíčským děkanem P. Pavlem Dokládalem vysvěcen rekonstruovaný Bílkův kříž. Originál železného kříže byl umístěn v kostele, na hřbitově byla umístěna velmi zdařilá bronzová kopie.

Poslední květnový den roku 1998 se poprvé rozezněly nové varhany v kostele.

Dne 22. listopadu 1998 začala pravděpodobně největší oprava babického kostela (po novém postavení). Do května roku 1999 byla oklepána omítka na všech zdech kostela a byl pozlacen ciferník a ručičky věžních hodin.Na jaře roku 1999 byla též vyměněna všechna okna v kostele. Celé léto se pak pracovalo na fasádě. Práce byly dokončeny 6. listopadu 1999. Při této příležitosti dostala nový kabát i kaplička P. Marie.V roce 2000 bylo odstraněno schodiště, které vedlo od vchodu do kostela přímo do vozovky.

Opravy uvnitř kostela byly prováděny od roku 2002 do listopadu roku 2006, kdy byla oprava dokončena vymalováním celého kostela.